مدارس مسجد محور بیش از 20 سال است که در شهرهایی همانند مشهد مقدس، قم، اصفهان، تهران، سبزوار و … با بیش از 150 مسجد فعال آغاز به فعالیت کردند.

نقطه مشترک این مدارس استفاده از محیط انسان ساز مسجد و به‌کارگیری مربیان دلسوز و مؤمن می‌باشد. در قالب این مدارس، آموزش با تفریح و تجربه و اکتشاف همراه است و دانش‌آموزان در اداره  مدرسه مشارکت می‌کنند.

تلاش این مدارس خروج از قالب‌های نا کارامد و اقدام عملی در جهت تحول نظام آموزشی کشورمان می‌باشد.

سیاست  این مدارس آموزش کمتر و یادگیری بیشتر است. این مدارس  نسبت به مدارس عادی تفاوت‌هایی دارند که نقاط قوت این مدارس در همین تفاوت‌هاست.

در این مدارس تربیت و آموزش ترجیحاً در فضا و محیط انسان ساز مسجد، در طبیعت و همچنین فضای واقعی زندگی برگزار می‌شود.